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救急医療では、京都市乙訓医療圏で最も多い救急車およびヘリ搬送を受け入れています。がん診療では、胃がん・食道がん内視鏡手術をはじめ、消化器癌、肺癌、乳癌、頭頸部癌、婦人科・泌尿器科、血液癌において、近畿で有数の手術件数があり、幅広く化学療法、放射線治療、緩和医療を展開しています。また、京都府唯一の総合周産期母子医療センターとして、リスクの高い新生児および母体搬送を受け入れます。鼓室形成術、虚血肢に対する末梢血管形成術、リウマチ・膠原病などの疾患に対しても診療実績があります。

本院は厚労省指定の「がん診療連携拠点病院」「小児がん拠点病院」であり「永守記念最先端がん治療研究センター」では陽子線治療を中心にがん治療の先進医療を行っています。それ以外にも循環器疾患、呼吸器疾患、神経疾患等様々な疾患に対して先進医療を取り入れ、「京都府総合周産期母子医療センター」では周産期医療も整備しています。特定機能病院、また大学病院として、世界トップレベルの診断・医療技術・薬剤を駆使して、新生児から高齢者まで、正確な診断に基づいた、より低侵襲の治療を受けていただくことが役割と思っています。